Mẹ của ông được biết đến là nữ hoàng Takhat, người đã được hoặc là một người vợ nhỏ của Merneptah hoặc một người vợ hoàng gia sau của Ramesses II hoặc cả hai. Một số đã giả định rằng Twosret, vợ của Seti II, là em gái của ông, làm cho anh ta là một người anh cùng cha của Seti II. Vợ Amenmesse đã từng được cho là một phụ nữ tên Baktwerel nhưng phân tích gần đây từ ngôi mộ hoàng gia của ông chứng minh rằng bà không phải cùng thời với vị pharaon này. Như Aidan Dodson & Dyan Hilton cho rằng:

"Trái ngược với những gì đã thường được khẳng định, Nữ hoàng Baketwerel được mô tả trong ngôi mộ của Amenmesse, KV10, không thể là một người vợ của ông. Các phù điêu Nữ hoàng được nhắc đến là không quan trọng,. Được chạm khắc trong thạch cao trên các trang trí bị cắt xén của nhà vua, phản ánh sự chiếm đoạt ngôi mộ sau đó, có lẽ trong vương triều thứ 20 ".[13]

Dodson cho rằng Baktwerel có lẽ là vợ của Ramesses IX, và rằng người phụ nữ này sau đó chiếm đoạt ngôi mộ của Amenmesse và thêm vào những cảnh và chữ khắc ở đó (Dodson 1987).

Sáu bức tượng thạch anh ban đầu được đặt dọc theo các trục hành lang hypostyle trong đền thờ Amun ở Karnak được cho là của ông, mặc dù bị tẩy xóa và ghi đè bằng tên của Seti II.[14] Một trong những bức tượng, với dòng chữ "Người vợ cả hoàng gia Takhat", dẫn đến tranh luận rằng Takhat là vợ của Amenmesse. Amenmesse cũng được cho là đã khôi phục một miếu thờ có niên đại từ thời Thutmose III đứng trước một ngôi đền tại Tod.

Có sự nhầm lẫn về các sự kiện xung quanh cái chết của ông. Xác ướp của ông không ở giữa những người được tìm thấy trong nơi cất giấu tại Deir el Bahri, và từ sự tàn phá của ngôi mộ của ông trong Thung lũng các vị vua, nó được giả định rằng Seti II đã trả thù đối với người em trai cùng cha của mình.